Un informe publicado en 2013 reveló el trato inapropiado que tuvo la Agencia Central de Inteligencia (CIA) con la Comisión Warren, encargada de investigar el magnicidio. McCone continuó al frente del organismo y fue el encargado de las omisiones, entre ellas, que la CIA no tenía evidencias que sugirieran que el homicida, Lee Harvey Oswald, fuese parte de una conspiración local o extranjera, según ha publicado el portal Politico Magazine.
"Según consta, McCone ocultó de la comisión la existencia de complots de la CIA para asesinar al líder cubano Fidel Castro", ha informado a su vez 'The Independent'. El informe está actualmente disponible en el sitio web del Archivo de Seguridad Nacional de la Universidad de George Washington.
El informe del historiador de la agencia David Robarge ubicó a McCone en el corazón de un "encubrimiento benigno", que tenía la intención de ubicar el trabajo de la Comisión Warren en lo que la CIA creía que era la "mejor verdad", es decir, que Oswald había actuado por su cuenta. Por lo tanto, al ocultar los planes para matar a Castro, la comisión nunca podría investigar si Oswald tenía cómplices en Cuba o en otra parte del mundo que quisieran matar a Kennedy en represalia por los planes contra el líder de la revolución cubana.
En consecuencia, el informe de Robarge asegura que el exdirector de la central de inteligencia trabajó para aportar una asistencia "pasiva y selectiva" a los investigadores del crimen del presidente.
¿Cuáles fueron los motivos para actuar de esta manera? No están claros. Sin embargo, se sugiere que la misma Casa Blanca fue la que lo instó a ocultar información, con lo que no se revelarían las operaciones encubiertas en Cuba.
Esto no es todo, el informe de 2013 reveló otro dato importante que McCone nunca brindó a la comisión: los contactos que supuestamente mantuvo la agencia con Oswald antes de 1963 y el control de su correspondencia luego de su intento de emigrar a la Unión Soviética en 1959. Incluso, semanas después del magnicidio Oswald se encontró en México con espías cubanos y soviéticos, reunión que tanto la CIA y el FBI reconocieron que no se investigó como correspondía.
El informe de Robarge va más allá y asegura que por la decisión de no divulgar los planes anticastristas podrían definir —solo en ese sentido— a McCone como "co conspirador" del encubrimiento del asesinato de Kennedy.
Más dudas son las que sembró el informe sobre la actuación de la CIA y los verdaderos motivos del asesinato del presidente. Incluso reveló que la propia agencia se encargó de eliminar nombres y otro tipo de información, en lo que podría ser un reconocimiento de que muchos secretos sobre el magnicidio aún están escondidos en los archivos del organismo.