Según la Fiscalía, el expresidente pidió al movimiento Hamás que le ayudara a escapar de la cárcel en 2011.
De acuerdo con la agencia de noticias estatal Mena, Morsi ya ha sido cuestionado y "confrontado con las evidencias".
El arresto se produce después de que la Fiscalía de Egipto autorizase la detención del líder de los Hermanos Musulmanes, Mohamed Badie, y otros ocho altos representantes del movimiento islamista por las acusaciones de instigar la violencia, según informa la agencia Reuters.
Tras el golpe de Estado en Egipto, el Ejército anunció la destitución del mandatario, que junto con varios altos cargos de los Hermanos Musulmanes, fue detenido por los militares y permanecía bajo custodia. La ONU ha solicitado a las autoridades egipcias su liberación.
Miles de egipcios se preparan para salir a las calles de nuevo este viernes para protestar a favor y en contra del presidente depuesto, después de que el Ejército amenazara con endurecer su estrategia para erradicar la violencia. El jefe de las Fuerzas Armadas, Abdelfatá al Sisi, instó a los que apoyan a la nueva administración a movilizarse para respaldar la acción militar y policial contra la "violencia" y el "terrorismo". Unas declaraciones calificadas por el portavoz de los Hermanos Musulmanes, Gehad el Haddad, como un "claro llamamiento a la guerra civil".