El incidente se produjo unas dos horas después de que el avión, con 136 pasajeros a bordo, despegara de Río de Janeiro con dirección a París. Uno de los dos comandantes del avión empezó a encontrarse mal y acabó desmayándose por causas que aún se desconocen cuando el avión aún volaba sobre territorio brasileño. Pasados unos 20 minutos, el otro piloto de la aeronave decidió aterrizar en la ciudad de Salvador, al noreste de Brasil.
El comandante desmayado, cuya identidad no se ha hecho pública, recibió los primeros auxilios ya en la pista del aeropuerto Luis Eduardo Magalhães y fue trasladado a un hospital vecino. El piloto podría haber sufrido un paro cardiaco, según comentó a Radio Gaucha uno de los pasajeros, pero esta información no fue confirmada oficialmente.
Los pasajeros afectados por el incidente partieron a París en otro vuelo, después de unas 12 horas de espera.
TAM aclaró a través de un comunicado que "los vuelos transoceánicos de la compañía son operados por dos pilotos y dos copilotos", lo que posiblemente ayudó a evitar una tragedia.
En 2009, la ausencia del piloto en la cabina de un avión de Air France en un momento crítico, podría ser una de las causas del accidente aéreo en el mismo vuelo Río de Janeiro-Paris. Los 228 pasajeros y tripulantes que iban a bordo murieron. Según los expertos, la tripulación no actuó adecuadamente después de la desconexión del piloto automático, mientras el capitán de la aeronave no se encontraba al timón.