1. Lee Harvey Oswald
Sin lugar a dudas, el principal sospechoso del asesinato del presidente número 35 de EE.UU. es Lee Harvey Oswald, a quien se le vio salir del edificio de depósito de libros donde trabajaba inmediatamente después de los disparos. Un fusil Carcano modelo 91/38 fue encontrado detrás de unas cajas, y la investigación afirma que sus huellas fueron encontradas en el arma. Menos de una hora y media después del asesinato, Oswald fue detenido. Fue acusado del asesinato de un oficial de policía que lo detuvo en la calle, a quien al parecer le propinó cuatro disparos con un revólver.
El 24 de noviembre de 1963, la Policía de Dallas decide trasladar a Oswald a la cárcel del condado. Mientras Oswald es trasladado por los estacionamientos subterráneos del cuartel de la policía, un hombre llamado Jack Ruby se abre paso violentamente entre la multitud de periodistas, fotógrafos y camarógrafos presentes y dispara a Oswald en el pecho, hiriéndolo de muerte. Oswald fallece en el hospital poco después.
2. La mafia
Los defensores de esta versión aseguran que los padrinos de la mafia Carlos Marcello, Santo Trafficante y Sam Giancana decidieron eliminar a JFK, que con la ayuda de su hermano, el fiscal general Robert Kennedy, le declaró la guerra a la delincuencia organizada en EE.UU. Hay quienes creen que la mafia ayudó a JFK a convertirse en presidente y que este, una vez en el cargo, emprendió una cruzada en contra de sus supuestos exaliados.
Los partidarios de esta afirmación sostienen que el FBI recibió en 1985 la confesión de Marcello, pero decidieron mantenerlo en secreto.
3. Un agente de seguridad lo mató
Según expone un documental del investigador Colin McLaren y el autor Bonar Menninger, el agente del Servicio Secreto George Hickey disparó una de las balas que mataron a Kennedy después de una noche de fiesta con los colegas.
Hickey, quien ya falleció, iba en el coche detrás de la limusina de Kennedy ese 22 de noviembre de 1963. "Lo que estamos diciendo es que creemos que fue un trágico accidente en el calor del momento", explicó McLaren.
De acuerdo con los cineastas, cuando Lee Harvey Oswald disparó su primer tiro, Hickey respondió tratando de devolver el fuego sobre la posición de Oswald con su rifle de dotación que le suministró el servicio de seguridad.
Debido a que él no tenía experiencia con el arma, y porque el coche se abalanzó repentinamente, dicho disparo salió mal y accidentalmente impactó en Kennedy, quien ya había recibido un disparo en el cuello, pero muy posiblemente no estaba herido de muerte por los disparos de Oswald.
4. El presidente Lyndon Johnson
La más reciente teoría sugiere que el autor intelectual del magnicidio sería el entonces vicepresidente Lyndon Johnson, quien ocupó la Presidencia en reemplazo de Kennedy, ya que fue el más beneficiado con su muerte, según escribe el estratega político Roger Stone.
El consultor político se basa en un gran esquema de corrupción supuestamente dirigido por Johnson para otorgar millonarios contratos con el Gobierno a cambio de sobornos. Las investigaciones estaban llegando a un punto crítico y apuntaban "a la corrupción encabezada por Johnson, corrupción de dimensiones bíblicas", asegura Stone. Esto explicaría la intención de lograr el máximo puesto de poder en el país, y así ocultar sus fechorías.
5. La teoría de la CIA
La poderosa agencia de inteligencia estadounidense CIA se repite en muchas de las teorías conspirativas sobre la muerte de Kennedy. También son mencionados el Servicio Secreto, el FBI y hasta el Pentágono. Los que apoyan estas teorías creen que la CIA quería vengarse por la fracasada invasión a Cuba de Bahía Cochinos, ya que la negativa de Kennedy a proporcionar un apoyo militar directo a la operación fue el causante, según muchos analistas, de que se viera frustrada. Otra teoría apunta a que la CIA quería provocar un ataque a Cuba responsabilizando a la isla de un atentado fallido contra el presidente. Los agentes debían disparar contra Kennedy sin matarlo, pero por error le alcanzaron en la cabeza.