Según un informe interno del Centro de Investigación y Seguridad Nacional (Cisen), presentado bajo el título 'Avances en la investigación sobre los hechos de violencia ocurridos en la ciudad de Iguala, en Guerrero', Abarca mantenía nexos con grupos criminales, entre ellos el cártel de los hermanos Beltrán Leyva, lo que le habría permitido reunir una enorme fortuna personal. El informe también vincula con el cártel a su esposa, suegra y cuñados.
Sobre los acontecieminetos del 26 de septiebre, el informe subraya que para impedir que un grupo de alrededor de 100 estudiantes llegara al lugar donde la esposa del alcalde, María de los Ángeles Pineda Villa, presentaba un informe como presidenta del DIF Municipal, el alcalde ordenó a la Policía intervenir después de que se produjera un enfrentamiento físico y verbal.
Los representantes el Partido de la Revolución Democrática (PRD), al que pertenece Abarca, que es buscado por la justicia, aceptan el hecho de que el gobierno conocía los nexos criminales del alcalde de Iguala.
El presidente nacional del PRD pidió disculpas a los habitantes de Iguala por los actos de violencia cometidos durante la gestión del alcalde José Luis Abarca, que fue expulsado del partido el pasado domingo. Por su parte, la senadora del PRD, Dolores Padierna, dijo haber informado hace un año a la Procuraduría General que Abarca ordenó asesinar a Arturo Hernández, un dirigente del PRD en Iguala y a otros militantes.
El alcalde de Iguala es acusado por la fiscalía de Guerrero de ordenar, junto con un capo identificado como 'El Chucky', el ataque contra tres autobuses que transportaban a los estudiantes.
La semana pasada las autoridades mexicanas hallaron una cantidad indeterminada de cadáveres en unas fosas comunes cerca del lugar en el que se produjo la trágica desaparición de 43 estudiantes. Los policías que custodiaban las fosas que podrían contener los cuerpos calcinados de los estudiantes desaparecidos afirman que "los quemaron vivos". Las autoridades aún no han confirmado la identidad de los cadáveres.