Shakil Afridi fue acusado de traición a la Patria por haber simulado un programa de vacunación falso para recopilar información para la agencia de inteligencia estadounidense.
El secretario de Defensa de EE. UU., Leon Panetta, confirmó en enero que el doctor Afridi recolectó muestras de ADN para ayudar a localizar a Bin Laden, quien después fue asesinado por las fuerzas de EE. UU. en la ciudad noroccidental de Abbottabad, en mayo del 2011.
El asesinato del líder de Al Qaeda aumentó la tensión entre EE. UU. y Pakistán, cuyo gobierno resultó seriamente afectado al encontrar que Bin Laden había estado viviendo en su territorio.
Islamabad calificó la operación estadounidense encubierta como una violación a su soberanía.
Poco después de la redada a la casa donde se escondía Bin Laden, Afridi fue arrestado por conspirar contra el Estado de Pakistán.
Fue declarado culpable por el Sistema de Justicia Tribal del distrito de Khyber y también fue multado con 3.500 dólares.
Leon Panetta calificó a principios de este año como “injusta” la detención del médico. "De ninguna manera traicionó a Pakistán como para que tomen este tipo de acciones en contra de alguien que estaba ayudando a rastrear el terrorismo, simplemente creo que es un verdadero error de su parte."