El cuerpo desnudo de Williams, en posición fetal, fue hallado en agosto de 2010 en una bolsa de deportes cerrada en el baño de su apartamento en el centro de Londres, cerca de la sede del MI6.
La misteriosa muerte de un criptógrafo alimentó a la prensa británica. Las especulaciones giraban al torno de su asesinato por presuntos espías extranjeros y sobre si el MI6 habría tratado de encubrir alguna operación suya. La autopsia tampoco pudo determinar la causa exacta de la muerte de un prodigio de las matemáticas que trabajó descodificando claves para la inteligencia británica durante tres años.
En el apartamento de Williams encontraron pruebas de que el empleado del MI6 posiblemente tenía formas particulares de entretenimiento sexual, como la claustrofilia (pasión de estar en espacios cerrados).
Ya era conocido que en una ocasión el matemático del MI6 había sido rescatado por sus vecinos, que lo encontraron en ropa interior atado al cabecero de su cama sin poder liberarse tras haber oído sus gritos de socorro.
En aquella ocasión Williams se excusó afirmando que solo estaba probando para ver si podía desatarse solo.