Actualmente está prohibido pilotar el avión en áreas de tormentas frecuentes y acercarse a menos de 40 kilómetros a estas zonas.
Según el informe de gestión del OT&E, el caza también tiene un deficiente sistema de generación del gas inerte (OBIGGS), cuya misión es presurizar los tanques de combustible y mantenerlos con bajos niveles de oxígeno. En zonas tormentosas tal sistema puede fallar, provocando la explosión o el incendio de los tanques si reciben el impacto de un rayo.
Los defectos obligan a una reducción de ciertas características de la aeronave, por ejemplo, la velocidad de descenso. Ahora este parámetro no deberá superar 1.800 metros por minuto, caso contrario volverá a fallar el sistema de presurización.
Los ingenieros del OT&E también han revelado un problema con el empenaje horizontal del F-35, común en todas las versiones del F-35, ya sea convencional (F-35A), embarcado (F-35C) o de despegue corto y aterrizaje vertical (F-35B). A altas velocidades o a gran altura la cola del F-35 experimenta un desprendimiento de la cobertura y en algunos casos hasta la destrucción del timón de profundidad.
Los cazas también presentan fallos del diseño que causan excesivas desviaciones de timones de dirección y alerones durante el paso de velocidad subsónica a supersónica y viceversa. A esto se suman frecuentes casos de zarandeo de cola, etc.