En abril del 2007 fue trasladada a la casa-hogar Casitas del Sur, donde le fue prohibido tener ningún contacto con sus padres y en agosto del 2008, un juez otorgó su tutela a la abuela de la menor. No obstante, el albergue se negó, alegando que ya no estaba ahí. Una posterior investigación judicial descubrió que había 22 niños desaparecidos, por lo que la PGJDF clausuró dos sedes de la organización y rescató a 126 menores.
Los 22 casos de niños desparecidos ocurrieron en Quintana Roo, Nuevo León y el Distrito Federal.
Según el exdiputado local Agustín Castilla Marroquín, quien asesoró a los familiares de Ilse, la menor vivía "en la creencia de que su familia la había abandonado". La joven, que ahora tiene 15 años, relató que pasó año y medio sin salir a la calle. Sin embargo, como insistió hasta la saciedad en ver a su familia, la pareja que la cuidaba finalmente "la puso en un taxi con dirección al D.F.".
La organización
Las autoridades averiguaron que el modus operandi de esta casa-hogar administrada por la Iglesia Cristiana Restaurada y Los Prefectos era acusar a los padres de diversos delitos, principalmente violación y abusos sexuales contra menores, para que la justicia les retirara la custodia de sus hijos. Los niños eran enviados por la propia PGJDF al albergue.
La secta tenía una red de albergues repartidos por todo el país. En algunos casos eran los propios padres quienes entregaban voluntariamente a sus hijos. Mientras los progenitores eran investigados por la justicia, los menores que acogían los albergues desaparecían impunemente. Según las autoridades, los 126 niños rescatados de dichos centros estaban adoctrinados y se resistían a los agentes de la Procuraduría porque durante su cautiverio les repetían que afuera les esperaba "el fin del mundo".