La representante de MSF afirmó que la versión de que en el hospital de Kunduz se encontraba una base de los talibanes "se utiliza para justificar a los culpables de la tragedia y es un cuento, pura tontería. Era un hospital neutral, que estaba cercado y vigilado y dentro sólo se encontraban los pacientes y el personal médico", comentó Meinie Nicolai, tras lo cual señaló a RIA Novosti que "incluso si fuera cierto [que en el hospital había talibanes], no se puede bombardear un hospital".
La directiva de MSF indicó que "somos coherentes con la Convención de Ginebra [sobre la protección de víctimas de la guerra, de 1949]. Cualquier persona con lesiones tiene el derecho a recibir atención médica y nadie está armado en el hospital. Este es el procedimiento de trabajo estándar que utilizamos en todos los conflictos armados a los que acudimos".
El hospital de Médicos sin Fronteras en Kunduz es el único centro de este tipo que funciona en el nordeste de Afganistán. En 2014 suministró cuidados sanitarios a más de 22.000 pacientes y acogió alrededor de 5.900 cirugías.