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Secuencian el genoma del coronavirus que entró en España: una mutación relacionada con cepas europeas
Las muestras corresponden a tres de los primeros pacientes contagiados en Valencia, donde se produjo el primer fallecimiento fuera de Asia.
En España se acaba de anunciar la obtención de los primeros genomas completos del SARS-CoV-2, el nuevo coronavirus que se expandió desde Wuhan, en China.
Así, las muestras analizadas corresponden a tres de los primeros pacientes que se contagiaron en Valencia, al este del país, donde se produjo el primer fallecimiento por covid-19 fuera de Asia el pasado 13 de febrero. Los resultados confirman la mutación desde su área de origen y que la cepa introducida en España está relacionada con otras europeas.
La secuenciación de genomas completos por parte de varios equipos de investigadores ubicados en Valencia se suma al esfuerzo que se está haciendo a nivel mundial en todos los laboratorios para averiguar cuáles han sido las vías de transmisión y cómo se extienden los diferentes linajes del virus.
"El objetivo primordial es identificar con mayor fiabilidad los focos y las cadenas de transmisión del coronavirus. La principal conclusión sacada del análisis de las primeras muestras es que las cepas proceden de rutas de transmisión diferentes", explica el investigador Fernando González Candelas, ya que el genoma del virus está en constante mutación.
De esta manera, los grupos formados por personal investigador especialista en virología, epidemiología y bioinformática ha determinado que existen varias cepas de este nuevo virus, algo clave para determinar si será suficiente una sola vacuna para erradicarlo.
Así, una de las cepas analizadas está relacionada con otras europeas (de Italia, Alemania, Luxemburgo, Francia, Escocia, Holanda, etc.). "El siguiente paso será analizar secuencias de más muestras de pacientes de los hospitales de la Comunidad Valenciana para poder comprobar las vinculaciones entre ellas y con las cadenas de transmisión establecidas por personal especialista en epidemiología", ilustra González.
El análisis de los genomas virales permite conocer las vías por las que ha entrado el virus en esta parte del territorio español y cómo se transmite actualmente, lo que es indispensable para ayudar a las autoridades sanitarias a controlar mejor la expansión del virus.
Además, esta secuenciación del genoma del virus está permitiendo conocer las mutaciones que ha sufrido desde que comenzó la epidemia, aunque las conclusiones de este análisis no ha encontrado ninguna mutación asociada a una mayor virulencia o letalidad.
Esfuerzo internacional
Las muestras han sido secuenciadas mediante Minion, un secuenciador de tercera generación de Oxford Nanopore Technologies. La infraestructura utilizada en la investigación ha sido posible gracias a la cofinanciación de la Unión Europea a través del Programa Operativo del Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER) de la Comunidad Valenciana 2014-2020.
Estas secuencias obtenidas en España han sido depositadas en tres bases de datos: la de la Iniciativa GISAID, consorcio público dedicado al estudio del virus de la gripe; la plataforma Nextstrain, que permite visualizar la progresión espacial y temporal de la pandemia y que cuenta ya con más de 500 genomas depositados desde el pasado diciembre para 40 países; y la base de datos GenBank de secuencias genéticas del National Institute of Health (NIH) de Estados Unidos.
Este análisis genómico ha sido llevada a cabo por la Unidad Mixta en Infección y Salud Pública de la Universidad de Valencia y la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunidad Valenciana FISABIO, el Grupo de Investigación en Epidemiología Molecular, ambos liderados por Fernando González Candelas, catedrático de Genética e investigador del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2SysBio) de la Universidad de Valencia y del CSIC, y el Servicio de Secuenciación y Bioinformática de FISABIO que coordinan Giuseppe de Auria y Lucía Martínez.
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